Задачами данной службы являются:
борьба с браконьерством и иными нарушениями установленного режима охраны территории национального парка;
предупреждение, выявление и пресечение загораний и пожаров, нарушений режима, ухудшения экологического состояния природных комплексов;
участие в тушении лесных пожаров;
контроль над проведением в пределах национального парка отстрела и отлова животных (в том числе вылова рыбы) в регуляционных, научных, промысловых и иных целях; контроль над соблюдением установленного порядка сбора зоологических, ботанических и минералогических коллекций и палеонтологических объектов;
контроль над соблюдением природоохранного законодательства и иных установленных природоохранных норм и правил при проведении на территории национального парка научно-исследовательских, проектно-изыскательских, лесохозяйственных, сельскохозяйственных, заповедно-режимных, строительных и иных работ и мероприятий, а также побочного лесопользования и других видов пользования растительным миром;
контроль над осуществлением ограниченной рекреационной деятельности, соблюдением режима национального парка туристами, экскурсантами и иными лицами, в том числе самими работниками национального парка;
контроль над соблюдением природоохранного законодательства юридическими и физическими лицами, имеющими арендные отношения с администрацией национального парка;
проведение проверок лесничеств, участков и обходов национального парка.
Службу охраны территории возглавляет директор национального парка, являющийся главным государственным инспектором по охране территории; заместители директора являются заместителями главного государственного инспектора; основной оперативной единицей инспекторской службы являются государственные инспектора по охране территории.
Работа по охране ведется патрулированием территории с использованием автотранспорта. Контроль и регулирование транспортного потока производятся на контрольно-пропускных пунктах при въезде в национальный парк.
С целью противопожарной охраны природных комплексов модернизирована пожарно-химическая станция. В настоящее время она укомплектована пятью пожарными машинами, мотопомпами и другим штатным пожарным инвентарем. Для оперативного обнаружения очагов возгорания построены две пожарные вышки, оснащенные системами телевизионного слежения.
Отдел охраны территории тесно взаимодействует с территориальными органами МПР России, правоохранительными органами, органами рыбоохраны и охотничьего надзора, средствами массовой информации, общественными природоохранными организациями.